Der Msgr. Otto Mauer–Preis wird seit 1981 jährlich vergeben. Die Ausschreibung erfolgt in der Regel im Laufe des Spätsommers, Einreichungsschluß ist für gewöhnlich Mitte Oktober. Die Jurierung folgt rasch darauf, die Preisverleihung zumeist in einem Abstand von vier bis sechs Wochen.
Ein Künstlergespräch wird seit 1999 gemeinsam mit der Eröffnung einer kleinen Ausstellung des Preisträgers veranstaltet. Diese fanden in den letzten Jahren im JesuitenFoyer in der Bäckerstraße, Wien I., statt.
Die fünfköpfige Jury setzt sich in der Regel aus einem Vorsitzenden, der dem Kuratorium des Otto Mauer Fonds angehört, zwei Künstlern sowie zwei Experten der Kunsttheorie, Vertretern der Kunstuniversitäten, wesentlicher Museen oder Medien zusammen.
Bisherige Vorsitzende der Jury:
| 1981 – 1996 | Prof. DDr. Günther Rombold |
| 1997 – 1999 | Prof. Dr. Matthias Boeckl |
| 2000 – | P. Dr. Gustav Schörghofer SJ |
Von 1981 bis 1995 wurde der Preis für je ein einzelnes Kunstwerk vergeben; einzureichen waren maximal drei Originale, zugelassen Malerei und Skulptur. Seit 1996 wurde das Spektrum der künstlerischen Arbeitsfelder wesentlich erweitert. Zugelassen sind nunmehr alle Sparten Bildender Kunst wie Malerei, Grafik, Fotografie, Skulptur, Objekte, Installationen, Neue Medien etc.; einzureichen sind Dokumentationen des bisherigen künstlerischen Schaffens .
Die Höhe des Preises, der von 1981 bis 1994 mit ATS 100.000 und von 1995 bis 2001 mit ATS 150.000 dotiert war beträgt derzeit EUR 11.000.